In der Kategorie „Die besten Fachkliniken“ sind drei Kliniken von Stiftungs-Hospitälern unter Deutschlands Besten ihres Fachgebietes aufgelistet:
Im Bereich Geburtshilfe, Schwerpunkt Risikogeburten, benennt der „Focus“ die Frauenklinik des Krankenhauses St. Joseph-Stift Bremen als eine erste Adresse. Diese Klinik wird von Chefarzt Dr. Torsten Frambach geleitet.
Für Orthopädie, speziell die Medizin des Bewegungsapparates, sind gleich zwei Fachkliniken von Hospitälern der Franziskus Stiftung aufgelistet: die Klinik für Orthopädie des St. Elisabeth-Hospitals Meerbusch-Lank/ Rheinisches Rheuma-Zentrum sowie die Orthopädische Klinik I – Allgemeine Orthopädie des St. Franziskus-Hospitals Münster. Chefarzt in Meerbusch-Lank ist Priv.-Doz. Dr. Thomas Pauly; Chefarzt in Münster ist Dr. Ulrich Simon.
Eine weitere Kategorie der „Focus“-Sonderpublikation listet Deutschlands „Regionale Top-Kliniken“ auf. In diesem nach Bundesländern gegliederten Ranking sind drei Hospitäler der Franziskus Stiftung unter den „besten Krankenhäusern je Bundesland“ benannt: Für das Land Bremen das Krankenhaus St. Joseph-Stift Bremen, für das Land Nordrhein-Westfalen das St. Franziskus-Hospital Münster sowie das St. Elisabeth-Hospital Meerbusch-Lank/ Rheinisches Rheuma-Zentrum.
Leiter der vom „Focus“ benannten Kliniken der Franziskus Stiftung sind bereits mehrfach in „Deutschlands umfangreichster Ärzteliste“, einer vom „Focus“ jährlich herausgegebenen weiteren Spezialveröffentlichung, empfohlen worden. Die in diesem Jahr zum zweiten Mal vorgelegte Krankenhausliste wurde in Kooperation mit einweisenden Fachärzten und Klinikärzten erarbeitet: Mehr als 22.000 Ärzte haben laut „Focus“ in Fragebögen ihre Erfahrungen und Einschätzungen von Fachkliniken und Krankenhäusern mitgeteilt. Weiterhin seien die gesetzlichen Qualitätsberichte der Kliniken detailliert ausgewertet worden; zudem habe man mit einem umfangreichen Klinik-Fragebogen gearbeitet.