In der Liste „Die Top-Fachkliniken“ sind fünf Kliniken von Stiftungs-Hospitälern unter Deutschlands Besten ihres Fachgebietes aufgeführt:

• Im Bereich Herz & Gefäße, Sektor Gefäßchirurgie, benennt der „Focus“ die Klinik für Gefäßchirurgie des St. Franziskus-Hospitals Münster als eine nationale Top-Adresse. Sie wird von Chefarzt Professor Dr. Giovanni Torsello geleitet.
• Im Bereich Orthopädie, Sektor Wirbelsäulenchirurgie, ist im „Focus“ die Orthopädische Klinik II – Wirbelsäulenchirurgie des St. Franziskus-Hospitals Münster ebenfalls als nationale Top-Adresse gelistet. Chefarzt dieser Klinik ist Professor Dr. Ulf Liljenqvist.
• Im Bereich Orthopädie, speziell Endoprothetik - also Implantation von Gelenkersatz – von Hüfte und Knie, sind zwei Fachkliniken von Hospitälern der Franziskus Stiftung aufgelistet: die Klinik für Orthopädie des St. Elisabeth-Hospitals Meerbusch-Lank/ Rheinisches Rheuma-Zentrumsowie die Orthopädische Klinik I – Allgemeine Orthopädie des St. Franziskus-Hospitals Münster. Chefarzt in Meerbusch-Lank ist Priv.-Doz. Dr. Tim Claßen; Chefarzt in Münster ist Dr. Ulrich Simon.
• Im Bereich Akutgeriatrie, der auf Erkrankungen von Patienten im höheren Lebensalter spezialisierten Medizin, benennt der „Focus“ das Zentrum für Geriatrie und Frührehabilitation des Krankenhauses St. Joseph-Stift Bremen. Es wird von Chefarzt Dr. Thomas Brabant geleitet.

Die „Focus“-Sonderveröffentlichung enthält außerdem die Liste „Die Top-100-Krankenhäuser in Deutschland“. Sie umfasst die vom „Focus“ ermittelten 100 national führenden Krankenhäuser und Fachkliniken. Darin ist das St. Franziskus-Hospital Münster benannt.

Eine weitere Liste mit dem Titel „Die Regionalen Top-Kliniken“ benennt die besten Krankenhäuser der einzelnen Bundesländer. Im Land Nordrhein-Westfalen sind zwei Hospitäler der Franziskus Stiftung aufgeführt: wiederum das St. Franziskus-Hospital Münster sowie das St. Elisabeth-Hospital Meerbusch-Lank/ Rheinisches Rheuma-Zentrum. Im Land Bremen ist das Krankenhaus St. Joseph-Stift Bremengelistet.

Chefärzte der vom „Focus“ benannten Kliniken der Franziskus Stiftung sind bereits mehrfach in „Deutschlands umfangreichster Ärzteliste“, einer weiteren jährlichen Spezialveröffentlichung des „Focus“, empfohlen worden. Die in diesem Jahr zum siebten Mal vorgelegte Krankenhausliste wurde wiederum vom unabhängigen Recherche-Institut „Munich Inquire Media“ (MINQ) im Auftrag des Nachrichtenmagazins erarbeitet. Dazu sind laut „Focus“ niedergelassene Haus- und Fachärzte sowie Chefärzte aus Krankenhäusern zu ihren Erfahrungen und Einschätzungen von Fachkliniken und Krankenhäusern interviewt worden. Außerdem seien die offiziellen Qualitätsberichte der Kliniken detailliert ausgewertet sowie eigene Fragebögen zu den einzelnen Fachabteilungen eingesetzt worden. Weiterhin sei eine Patientenumfrage der Techniker Krankenkasse analysiert worden. Insgesamt haben 467 Krankenhäuser und 1423 Fachkliniken Eingang in die Liste gefunden.